>また、非課税の分になったりするのでしょうか。

初穂料は、「消費税についてですが、神社で購入するお札等は、喜捨金的な性格のものとして、不課税とされます。」
本掲示板の下のkamehenさんの解説にくわしくでています。

「神社のお守り等」
http://www.otasuke.ne.jp/modules/xhnewbb/viewtopic.php?topic_id=15476&post_id=60914#forumpost60914

ついでに、勘定科目は、車両費がベストでしょうが、科目がなければ、寄付金、安全対策費、あるいは福利厚生費などでしょうか。