こんにちは〜☆

１，返還金受領時
　（借方）現預金xxx　（貸方）保証金（預け金、敷金など支払時の科目）xxx

２，足りないというのは現状回復のため差し引かれたものでしょうか？
もしそうなら、
　（借方）修繕費xxx　（貸方）現預金xxx

足りない理由によって借方科目変わってくると思いますが･･･。

３，(借方)長期借入金35,000,000　　（貸方）預金　 35,000,000
　 （借方)預金　　1,078,000　　　　　　(貸方) 保証金　1,078,000

借入金、保証金の額を正確に反映させるため、相殺はしない方が良いです。