こんにちは☆

退職金に関しては、課税の特例があって、他の所得と分離して課税されることになっています。
そのため、退職所得申告書なるものを従業員などから提出して貰い、それに基づいて、退職金にかかる住民税、所得税を差し引いて支給することになります。
従業員、HAYATOさんの事例では役員のようですが、の住民税が普通徴収になっていても、給与支払者は元々特別徴収義務者ですので、このような場合には徴収する義務が生じます。

また、特別徴収票を作成して、所得税の源泉徴収票と一緒に退職者に交付します。

退職所得申告書はこちら↓を参考にしてください。

http://www.nta.go.jp/tetsuzuki/shinsei/annai/gensen/annai/1648_37.htm