有給休暇の買取自体に結構ガタガタ言ってしまう私ですが、今回は双方合意とのことで若干割愛します(笑)。

まあ違法と言えば違法なのですが、例外が３点ありまして、
１，使用者が労働基準法で認められている日数以上の有休を認めている場合、超えた部分についての買取
２，消滅時効（２年間）
３，退職時
ということですので、今回については大丈夫ですよ。

さて

支給名目を退職金とするか、給与とするかについてですが、「特別の賃金」で３ヶ月を超える期間ごとに支払われる賃金などは、失業給付の算定の基礎にはならないので、退職月の給与に加算して、失業給付の離職票には加算分を除いて記載するのがいいかと思われます。

「臨時手当」としておいて、明細に「なお、有休買取分として臨時手当を支給する」旨を記載しておけば大丈夫です。

この場合社会保険の対象にはなりますが、退職日の含まれる月の社会保険は徴収されません。
例えば退職日を６月２０日とすると、６月分の社会保険は要りません。
何月分の保険料を徴収しているのか今一度確認して、余計な天引きはないようにお気をつけ下さい。