いろいろやり方はあると思いますが、入金時に
普通預金 3,000,000 | 完成工事未収入金 3,000,000
としてしまうと、顧客別の未収入金残高がおかしくなってしまいますから、

入金時には、下記のようにいったん仮勘定で受けて、
(普通預金)3,000,000  (完成工事未収入金)1,100,000
                  (仮受金)1,900,000
返金時には
(仮受金)1,900,000 (普通預金)1,900,000
としたらいかがでしょうか。

入金時に、
普通預金 3,000,000 | 完成工事未収入金 3,000,000
とした仕訳は、下記のように逆仕訳を切って取り消します。
(完成工事未収入金)3,000,000 (普通預金)3,000,000


仕訳をまとめれば、
入金時の仕訳の訂正
(完成工事未収入金)3,000,000 (普通預金)3,000,000
                +     
(普通預金)3,000,000  (完成工事未収入金)1,100,000
                  (仮受金)1,900,000
                =
(完成工事未収入金)1,900,000 (仮受金)1,900,000

返金時の仕訳
(仮受金)1,900,000 (普通預金)1,900,000