誰の立場で、どういう違いが出ること(例えば退職金が
それによって減額されるとか、雇用保険の受給上の扱いとか)
を念頭に置いて懲戒解雇有効または無効という結果を得たいのか、
が分からないと、有用な考えは出てこないように思います。

一般論としては、違法行為を行えとの命令を拒否した、
という理由のみに基づく解雇の有効性を正面から争えば、
合理性相当性のない濫用的解雇であり無効、と
判断される可能性が高いでしょう。