こんにちは。

結論から申し上げますと、１でも２でも大丈夫です。
但し、２の場合は「預り証」なるものを引き上げる必要が出てきます。

預り証は領収証と同じく相手から受け取ったことを証明する力があります。
民法486条では「受取証書」という用語でこれらを集約して表しています。
ただ、一般的には預り証とした場合は、清算時点で預り証を一旦回収して改めて領収証を発行する手順が多いようです。
預り証というタイトルが原因でしょう。

従いまして、ポイントとしては受け取った総金額と、発行した受取証書の総金額が一致すればOKということになります。

今回の場合は、お客様へは預り証を領収証として扱っていただく旨を説明し、残りの金額を領収証として発行していくことが考えられます。
場合によっては但し書きへ、預り証のことを簡単に表示した方が親切かも知れません。

しかし、システムの制約が邪魔ですね。