会社としての支給金額の件は置いておいて、所得税法上の非課税限度額について回答してみます。

国税庁の質疑応答事例にもありますが、そもそも、通勤手当の非課税限度額は、日割額ではなく、月単位で判定すべき事となっているようです。
http://www.nta.go.jp/shiraberu/zeiho-kaishaku/shitsugi/gensen/03/21.htm

その趣旨から、以下の質疑応答事例の回答が導き出されているものと思いますが、基本的には、日割りすべきではなく、変更があった月に関しては、いずれか非課税限度額が多い方の額で処理できるものと思われます。
http://www.nta.go.jp/shiraberu/zeiho-kaishaku/shitsugi/gensen/03/20.htm