takaさん、こんばんは。
横レスで失礼します。

>それで例えば非課税限度額が4,100円だとした場合、月の途中から交通機関から車通勤に切り替えた場合、その非課税限度額もかわるのでしょうか?
→その通りです。通勤手段が違いますので、それに応じて限度額
も変わります。

按分計算方法は、法的にあるものではなく就業規則で
定めた要領にしたがって行うものです。
私が総務担当だった折には、就業規則で月間基礎日数を
「年間出勤日数÷12ヵ月」
としていました。
2月と5月だと3日暦日が違うので、誤差は生じますが
就業規則を原則として行っていました。