小規模企業共済と401K個人型保険料（個人型確定拠出年金）のどちらとも確定申告の社会保険料控除で控除すべきものなので、経費として計上できません。

ですので、事業専用又は事業・個人兼用の口座から引き落とされている場合は事業主貸で記帳する事になります。
事業には関係のない個人的な口座から引き落としている場合には記帳する必要はありません。