その会社、それぞれで違うものだと思うのですが、あくまでも。私の居る会社では、というコトでご回答すると。

 おっしゃるように、365(366)日−年間休日=稼働日数 かと思います。
  
 お給料の計算は、年末調整の関係もあるので、更新は1月にされるものだと思います。
 給与ソフトは使っていないので、毎年、更新するかどうかは、わかりません。
 ごめんなさい。

 ただ、暦日で計算される会社もあると思うので、youryouのいらっしゃる会社として決めておかれる方が良いと思います。