ご回答ありがとうございます。

私の説明不足で大変申し訳ありません。

弊社では、
給与は末日締めの翌月20日払い
歩合は末日締めの翌月末日払い
となっております。


>昨年12月分に対する支払いを御社の社内規定通り本年1月に行った と私は解釈致しました。

仰るとおり、先月(1月)に12月の給与と歩合を支払いました。
その12月分が多く支払ってしまいました。

そして、年末調整ですが、
>年末調整は支払日ベースで集計しますので
との事ですが、弊社では支払日ベースではなく、
支給対象月で年末調整をおこなっております。
(前任者からずっとそのように処理してきたので、
私もそのように処理してしまいました。)

ですので、平成20年分の年末調整が
平成20年2月(20年1月分の給与・歩合)
〜平成21年1月(20年12月分の給与・歩合)に
支払った分で計算しております。

源泉の超過額の精算等は平成21年1月に支払った時に
精算し、平成21年2月10日に税務署に納付しております。


>年末調整は支払日ベースで集計しますので
と仰るとおりの処理ではなかった為、
どう処理すればいいのか悩んでおります。

説明不足で大変申し訳ありません。

ご回答、宜しくお願いします。