こんにちは。

その方の最終の給料額は外交員報酬以外に一切支給はないのでしょうか？
大きな声では言えませんが・・・（苦笑）
もし外交員報酬以外の支給額があれば、少額ですのでその総額からの減額（「調整項目」などで）という一策もあります。
但しこの場合には当然ながらご本人・上司の方などへの事前報告と了解が必要と思いますが・・・。

尚、このご質問の冒頭部分で
＞先月、通常より多く外交員報酬を支払ってしまいました。
とありますので、支払に関して締め日・支払日は設定されているはずでしょうから、昨年１２月分に対する支払いを御社の社内規定通り本年１月に行った　と私は解釈致しました。
その場合、年末調整は支払日ベースで集計しますので（但し資金繰りの都合上などからその支払日に支払できなかった「未払い分」は別として）、上記の場合にはＨ２１年分の年末調整対象となる　との考えからのご返信です。