こんにちは。

次回の最終給料で他の支給額があり、お書きの過剰支払分を差し引いても支給額があるなら（＝総支給額がマイナスでないならば）、
過剰分を「外交員報酬」の項目にマイナスで入力して給料計算しては如何でしょうか。
要は、トータルして合っていれば宜しいでしょうから。
もしそれでも抵抗がおありなら「調整手当」などの項目があれば、そこでマイナス支給すれば良いと思いますよ。

給料計算の場合、支給項目で間違ったのなら支給項目で修正するのが本筋ですから。

尚、いずれにせよ上司と相談しその処理が決まった段階で、事前にご本人にお知らせしておくと宜しいでしょうね。
ご検討下さい。