少し説明が足りなかったところを補足します
小切手の表には、受取人の指定は無く、かつ裏面に押されている
丸印もA社の口座印とは異なる、個人名の印鑑でした。
私も調べたのですが、この場合丸印のみでは法的拘束力が無さそうなので無視することにします。

引落されなかった場合が心配ですが、その時はA社に請求することで落ち着きそうです。この得意先は、以前にも（A社振出の）為替手形を回してきた際、印紙を貼らずに回してきて、こちらから指摘したところ「お宅で貼れ」と知らぬ顔をする「経理のど素人」なので、今回の件で文句を言ったところで、また「馬の耳に念仏」となるでしょう。

GUCCHI様 豚太郎様、ありがとうございました。