おはようございます。

お返事を拝見する限りでは、会社法人ではないような雰囲気を受けますが、とりあえず会社法人であればの簿記における修正処理例を書いてみますね。

■保証金の修正
保証金100万／開業費100万

■保証金の返りの修正
雑収入100万／預貯金100万
預貯金100万／保証金100万
　※端折って「雑収入／保証金」でも結構です。

■開業費の償却
過年度開業費償却（又は過年度損益修正損益）80万／開業費80万
　※5年均等償却を採用いたしました。

■今期の開業費償却
開業費償却40万／開業費40万

とする方法です。
あくまで、簿記上での一例です。
なお、H17年度に計上したものですから、現在公表されている通知の経過措置により、今期に120万を償却することも可能と思われます。

税金については詳しくありませんが、費用化した額を限度内として損金算入がOKだったはずです。