一人当たり5,000円以内の飲食費を税務上の交際費から除く、
というルールは一次会・二次会が独立して行われているなら
それぞれについて適用できます。(下掲pdfのQ10参照)
従って、一次会だけ・二次会だけで見たときに
一人当たり5,000円を超えない、社内飲食費でない、
必要な書類が保存されている、など法定の要件を満たせば、
一次会分は一次会分、二次会分は二次会分で
それぞれ上記ルールを適用して処理できるでしょう。

もちろん、実態が会議であってその費用が
会議に通常要する費用と認められるものであれば、
会議費として扱う(当然ながら税務上の交際費には含まれない)
処理が適当でしょう。(下掲pdfのQ12参照)

http://www.nta.go.jp/shiraberu/zeiho-kaishaku/joho-zeikaishaku/hojin/5065.pdf