立替とするというのが当事者の意図であれば、
売上に含めてはいけないでしょう。

　＜入金時＞
　　現金　５１，０００　／　売掛金　５０，０００
　　　　　　　　　　　　／　立替金　　１，０００

とする処理の方が適当だと思います。
（立替とせず、購入した分は自社での仕入等として
その分は売上に上乗せする、という精算の仕方も
あるでしょうが、担当者はそうしようとは
言っていないと思います。）

お買い上げ代金　47,619円
消費税　　　　 　2,381円
弊社立替分　　 　1,000円

今回ご請求額計　51,000円

というような請求書は割とよく見ます。

貴社からの請求書等と振込依頼控えがあることに鑑み
貴社の売上5万円についての貴社名の領収証は省略するとしても、
立替分1千円についての領収証（もともとその備品を
仕入れた先の発行したもの）を不要と考えるかどうかは
また別問題だと思います。
上で例示したような請求書を受け取る際、
立替分の領収証を添付して送ってもらえることも
結構あります。（自分が支払う側であれば、
やはりそうしてもらえた方がありがたいと思います。）