chuchuminさん、こんにちは〜。
またまた参考程度で申し訳ないのですが、私は某自治体の情報処理課に勤務したことがあるのでその頃の経験でお話します。

士業の方ならず、確定申告のデータは税務署から市区町村へ流れます。ですから、支払調書含め全ての収入（給与支払報告書等提出されていればですが）が市区町村へ集まることになります。
給与支払報告書4、5枚ある人などざらでしたよ〜。
税務署からのデータを市区町村ではチェック後一括入力し、税額が決定するわけです。
ですので3月〜4月頃は人事異動もあり、大変忙しい時期なんですね＾＾
自治体の皆様も大変だと思いますよ〜。。