>4分の1を超えてしまっても取崩をしなくても良いのですか。法規を読んでも良く理解できません。

今、手元の資料が散乱してまして根拠となる資料が見つからないのですが、超えた部分の取崩は必要なしと記憶しております。
これは旧商法改正時において、それ自体の取崩を要求していないからと読んだ覚えがあります。
そして、会社法でも受け継がれているものと思われます。
また、現実の会社にて1/4を超えた会社が多く存在することからも、違法となるとは明言できないものと思います。

>会社計算規則の第59条では対応できませんか。

どうでしょう・・・
昔のプーリング法やパーチェス法の時に勉強しただけで、私には返答が重すぎます。
申し訳ありません。