実際は置かれている状況によってどうか分かりませんが、もしも私が顧問だったとしたら、会社の事を考えれば、その分は会社として、分かっていて年末調整する訳にはいかないので、通常の年末調整のみをして、住宅控除分は、ご本人で、控除されようと思えば、確定申告でされて下さい、という感じで伝えるかもです。

その辺は、社長等の責任者に、会計士さんの返事も合わせて、判断を仰ぐしかないかもですね。