基本的に、yonnさんのご認識で間違いないものと思います。

住民票は、現に住んでいる事を証明する術となりますが、逆に言えば、現に住んでいなくても、住民票を移してしまえば、表面上は住んでいる事となるので、それを悪用される可能性はあると思います。
ひょっとしたら、税務署に、半端ウソをついて、本当は住んでいるけど住民票だけ写してなかったとかいう感じで言ったか、その担当者（申告時期には、税務署員だけでなく応援の方もいたりしますので）が、軽く住民票を移しちゃえばわかりませんよ、という感じで言ってしまって、そのまま通ってしまったのか、そんな感じかな〜、という気がします。

kei8さんがお書きになられている通り、年末調整を処理する会社としての責任は勿論あるので、わかっていれば、通すべきじゃないとは思いますが、顧問の会計士さんが言われているとなると、なかなか一担当者としては、立場上、難しい所ですよね。