こんにちは。

弊社はご同業ではないので詳しくはありませんが、
下記が公式サイトのようです。
１日の労働時間は労働基準法によると思いますが、１日フル勤務でない場合の証紙貼付は労働者側にとっては不利益にはならないでしょうから、ご質問に関しては会社側で認めれば貼付可能ではないかと思われます。

また職業柄、現場によっては厳密な時間管理ではなく出勤簿によるばあいには、「時間」というよりは、出勤したという出勤簿の印鑑等があるかないかで判断していることも多いのではないでしょうか。
以上は異業種人の単なる私見ですので（笑）
下記サイトの係にお問い合わせ頂くのが正確で結論が早く出ると思いますよ。
http://www.kentaikyo.taisyokukin.go.jp/seido/index.html

公の制度に関しては、その管轄機関に問い合わせるのが一番正確で早道です。
その回答によっては質問以上の新たな発見をすることもありますよ！