仕入原材料　10,000　/　10,000　現金
（Ｃ部門）

と借方に仕入原材料の仕訳を起こされて、残高が
マイナスになるというところが良く分からないのですが、
弥生がしていることは各仕訳に振られた部門コードを
見ながら集計しているだけなので、特段の問題が出てくる様な
ことはないと思います。

また、部門を選択しない場合は部門コードを無視して
全データを集計するだけですので、入れた仕訳がバランスしていれば
全社の決算書に影響することはないのではないでしょうか。