hhh様、ありがとうございます。

実は、ちょっと「目から鱗」状態です。
弥生プロでは、今まで使っていた補助科目の代わりに
必ず部門を入力しなければならないと思い込んでおりました。
試しに、現金をA部門にしたりC部門にしたり部門を入力しなかったりと
3パターン入力してみて、それぞれの残高試算表を見たのですが、
先の例で申しますと「仕入原材料」には3パターンとも合計金額にマイナスが付きました。
決算書は事業所合算のようなので、この場合貸方に現金(小口)などと入っていれば
事業所として、現金が10,000出ていったことに変わりはないので
決算書には影響がないという認識で宜しいでしょうか。

>それ以外は全て“共通部門”として仕訳を起こしています。

ということは、一番入力の多い統括部門の入出金部分などは、部門を入力しなくとも良い
と言うことになりとても嬉しいです。

回りくどい文章になってしまいましたが、
1)部門計を見たいだけなら、残高試算表のマイナスは問題ないか。
2)部門を選択しない場合でも、事業所の入出金であるので決算書に影響はないか。
という頭の中のもやもやに、再度ご意見をお聞かせ頂ければ幸いです。