sandさんがどこまで部門管理の対象としたいか次第だと
思いますが、現預金は全て統括部門で仕訳を起こすということで
差支えないのではないでしょうか。

ちなみに当社では、Ｐ／Ｌの営業利益までしか部門管理は
行わず、それ以外は全て“共通部門”として仕訳を起こしています。

債権債務と棚卸資産くらいまで部門管理の対象としたい気持ちは
あるのですが、そのために基幹システムに手をいれるところまでは…
といったところです。