事業主の通勤のための交通費、定期代：

家事経費、私的経費ではないかとの疑問かと思われます。
事業主でも自宅以外で仕事をする場合、通勤にかかる費用は必要経費として認められます。
なお、グリーン券は一般的にはダメですが、障害など特別な事情があれば認められるようです。

青色専業者の定期代：
一定額までは、非課税として認められます。
こちらは、内規による定めがあれば、グリーン券についても認められるようです。

参考　所得税法施行令20-2