先月分に過請求があり、余分に振り込んでしまっている500円分を、今月の請求から差し引くということですよね。
もう11月も終わりですから、10月度の損益を修正することは困難ですから、私でしたら今月で調整してしまいます。

例えばその駐輪場代が月極25,000円だったとすると、来月分の請求金額は過払いの500円を差し引いた24,500円になるはずですから、その請求を受けた時点で
地代家賃　　24,500円／普通預金　24,500円
と仕訳を切るだけにとどめます。
もちろんこれは決算をまたがない場合の簡便処理ですから、決算をまたぐ場合は一旦仮払金に振り替える必要があると思います。


＞費用を貸方で消滅させるのはあまり好ましくないのでしょうか？
今回のように、本来計上すべき金額と異なった金額を計上してしまっており、修正する必要がある場合は費用勘定が貸方にくることもありえます。
むしろ正しい金額に訂正すべきところを訂正しないほうが好ましくないと思います。