こんにちは。

お考えの通りで結構です!

最後にお書きになられたのが一般的に「在庫の洗い替え」と呼ばれる仕訳です。
前月末在庫を一旦全て取り崩してゼロにし、新たに当月の正しい在庫額を計上する というやり方ですね。

それから、これは誠に立ち入ったことですが、長期化した一部の在庫がお有りのようですが、全く売上の目処が立たないとか、そのために在庫スペースがもったいない などの議論が出た場合には、利益との関係も見計らって処分(除却・廃棄)するのも一策ですね。
その際には除却廃棄の書類(書式は任意です)を作成し、その商品の写真を貼っておいたり、または大きなものの場合には廃棄業者からの書類を入手しておくこと等も必要ですが・・・。

新規システムが安定するまで大変でしょうけど、
頑張ってくださいませ!