有難うございます。
疑問が晴れた気がします。

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深夜手当部分のみということであれば、時間単価×0.25でよいです。
13:30-22:30勤務を一ヶ月に20日間行った場合

月給    240,000円(1,500円×8時間×20日)
深夜手当  3,750円(1,500円×0.5時間×20日×0.25)
合計    243,750円
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過去に実績がございませんので、こちらの処理で進めます。

朝一番で労基署へも電話で確認しましたら上記で問題無いという回答でした。

みなさん、有難うございました。