こんばんは、aikotani様。

お考えの通り、定期同額給与に該当しませんので、その1万円部分を経費にならないと思います。

解決策としては、将来返済してもらえるなら役員への貸付金にするか、それが無理ならば経費で落として法人税の別表で加算するしかないと思います。
・・・もしくは、否認されても1万円だけですので気にしないとか・・・