ototamaさん、横から失礼します。

弊社でも試験研究費の税額控除申請を毎年行っています。
定義としては「その費用が新製品（技術）開発の為に
専ら使用されたか」ということです。

間接経費の場合、例えば電気料金でいくと、
研究所等で使用されていたとしても100％新製品開発に
供与されたとはいえません。雑務で使用することもあるで
しょうし、トイレの照明でも使用するでしょう。
一概に言い切れないのです。

ですから、購入物や改造費用等は別にして間接経費
に関しては余程裏づけが取れるものでない限り、
控除対象にするのは難しいと思った
ほうがよいと思います。