10月1日時点の時価を出さないといけないですよ。営業譲渡(事業譲渡)は、要するに多くの資産を同時に売却することですから。

ただ、時価を算定するのに手間と経費のかかる例えば不動産の評価などであれば、3ヶ月程度の評価時点のずれは許容範囲だと思います。状況が大きく変わっているような事情があるなら別ですが。