私もよく分かりませんので、検索したリンクだけ、提示します。

金融商品取引法における特定子会社
http://matsumoto-ca.blog.so-net.ne.jp/2008-07-13

税法における特定子会社
http://www.tabisland.ne.jp/explain/kigyou2/kig2_4_2.htm

「特定〜」と言う表現は法律上よく使用される表現ですので、上記のようにいろいろな意味があったりします。
どのような特定子会社なのか分かれば、他の方のレスもつくかも知れません。