多かれ少なかれ、社長の車を会社に入れるというのは、どこの会社でもしていることですので、特に問題にならないと思われます。

おそらく、車を時価で会社に売ったことにするのでしょう。そのあたりは税理士がきちんとしてくれるでしょう。

>走行距離などから按分計算をして、計上した価格の何割かだけで、それ以外は認めてもらえないとかいう気もしないのではないですが・・・

個人事業主の場合は事業割合で分けるのでしょうが、法人の場合はそこまで求められないです。既に社長用の車が何台も計上されていて、仕事にはまったく使用していないなら問題になるでしょうが。