ZELDAはんがお答えを付けているので補足程度に(^^;)

＞請求書に「振込手数料はご負担下さい」と記載しているにもかかわらず
＞振込手数料を引いてくる会社があります。

請求書に記載しただけでは、お願い事の意味合いですからねー。

＞その会社とは業界が違うのですが、こういう場合も（商慣習）が優先されますか？

商慣習が異なる場合、これを優先するには無理があると思いますよ。

＞「振込手数料はご負担下さい」と請求書に記載している場合でも
＞経理で勝手に「売上値引」と処理しても大丈夫なのでしょうか。。。

お願い事ですから大丈夫でしょう。