こんにちは。

会社経費分とそれ以外は別々に領収書を発行してもらうことがベストですが、お書きの様な場合には領収書の余白にその旨をメモしておくか、あるいはそれの納品書などがあれば(写しでも結構です)一緒に添付しておけば宜しいと思います。それが真実なのでしょうから。

尚、「監査等で問題に・・」とございますが、監査となりますと色々な基準等もあり一概に上記の処理で宜しいかどうかはその監査する側の判断となりますが、
少なくとも税務署などによる税務調査では上記処理で宜しいと思います。
弊社でも時折同様の領収書や納品書をもらってくる場合がありますが、過去の税務調査では上記処理で問題にはなっておりません。
ご参考まで。