お返事ありがとうございます。
個人商店のような会社なので、1期目も自分で申告しました。
税務署の方に教わりながら記入したのですが・・(汗)

1期目も仕入れの一部の会社の分だけを税抜で入力してしまい、そのまま仮払消費税が出てきたのですが、何も気にせずそのまま申告してしまいました。
税務署の方にも何も言われなかったので、これでいいのかと思っていました。
やっぱり修正申告というものをやるべきなのでしょうか?