補足です

2期目の申告とありますが1期目の決算や申告は税理士さんにお願いしたのでしょうか？

もしされているならその税理士さんが調整しているはずですので、確認してみてはどうでしょうか？

これをもし自分で修正するとなれば一筋縄ではいきません

あと税込経理と税抜経理はそれぞれメリットデメリットがあるのでそこも考慮しないといけません。