零細企業では、労働力が少ない、お金もないという場合が多く、経営者と従業員が互いに無理をしながら、妥協しながらやっているケースが多いと思います。
そういう状況では、不満分子の主張する「不満」の内容次第だと思いますが、労働時間、休日、残業代などの問題では、従業員の主張に正当性がある場合が多いのではないかと思います。
もちろん法律違反は許されないことですが、明日にも会社がつぶれそうだとなれば、朝とか夜とか、日曜日だとか言っていられなくなります。経営者が良く説明し、信頼関係を築き、従業員もなんとか乗り切ろうという気持ちになっていれば、多少のことは我慢して、いきなり外部団体への加入を考えることはないと思います。
しかし、努力の甲斐なく不満を抱き、会社が聞く耳を持たず、それが限界となれば、外部団体への加入は止めることができません。

今後どういう事態が想定されるか・・・
法律やルールを守ってほしいという、極めて正当な申し入れがあるものと思われます。当然の権利としての会社側との交渉が開始されることになると思います。

過激な団体は、街宣車を横付けして大声で会社の不正を追及したりすることもありますが、零細企業のたった一人の従業員からどれだけの活動費が取れるかにもよると思います、タダでは働かないと思います。
また、マスコミも弱者の味方ではなく、視聴率が稼げるか、発行部数が増えるかで動きますから、単なる零細企業のもめごとでは、ニュース価値はなく、動かないことが多いと思います。