通関業者は、依頼者の名義で輸入申告や納税を代理する業者で、原則として自己を輸入者とする事はありません。
商品の受け渡しに中間業者が介在すると言うのも典型的な例ではないように感じます。
もしかしたらA社は俗に言う輸入代行業者で、この取引は実は既に輸入が済んで内国貨物となり、A社からB社に転売したものを、単に国内取引としてB社から購入しただけではないでしょうか。
もしそうなら御社は輸入消費税の納税義務者ではありませんから、「輸入消費税」等と明細があっても立替金の清算ではなく全て商品の対価の一部に過ぎず、仕入又は仕入諸掛に含むべきではないかと思います。

一方御社が輸入者であり、即ち輸入消費税の納税義務者であった場合も、税込経理を採る事業者にとって輸入消費税は内国消費税同様、商品の取得価額の一部ですから、やはり仕入又は仕入諸掛に含む事になります。

と言うわけで結局、「輸入消費税」は仕入又は仕入諸掛に含む事になります。

免税事業者は税込経理しか採れないので、仮払消費税勘定は建てる事ができません。
そして税込経理を採ったときの棚卸資産の評価は税込価額ですべきものですから、その一部である消費税分を雑費等で処理する事は、棚卸資産の過小評価となり、認められません。