一般により高額で内容も高度と思われる
人間ドックの費用でも、希望者全員に
会社負担での受診を認める（年齢により
制限する等であれば、全員でなくても可）
場合は給与課税の必要なしとされているので、
生活習慣病予防健診の本人負担分を
会社が負担する場合も、希望者全員が
恩恵を受けられる制度になっていれば
原則としては本人の給与として扱う必要はない
と思いますよ。
http://www.nta.go.jp/shiraberu/zeiho-kaishaku/shitsugi/gensen/03/03.htm

ただし、役職員本人でなく
配偶者等の健診費用の話であれば
これは課税される給与として
扱わざるを得ないでしょう。
http://otasuke.ne.jp/modules/xhnewbb/viewtopic.php?topic_id=9697&forum=1#forumpost37560