個人事業で赤字、給与所得分については法人を通して源泉所得税を納税済みという事になりますと、
確定申告をして清算⇒源泉で納め過ぎている所得税を還付という事になります。

しかし、会社側としては個人事業分については与り知らぬ事ですから、「個人事業と通算するのは自分でやってね。」という事になります。