デザイン事務所を製造業の一種と考えて、製造原価を計算するのが万全でしょう。
製造原価には原材料のほか、労務費や各種経費のうち製造に要した費用を含みます。

1.「棚卸」については、原材料がないでしょうから、もっぱら仕掛品を計上することに絞られるでしょう。
2.その「仕掛品」については、材料を使っていればもちろんそれを含み、労務費や経費を配賦する事になります。特に労務費はよく指摘され、トラブルも多いと聞きます。
3.「領収書」は、相手方から要求されない限り発行する必要はありません。「印紙税」は課税文書を作成したときに課税される税金ですから、文書を作成しなければ当然納税の必要はありません。