派遣元企業が派遣先企業に「賞与相当分の
派遣料です」と言って請求して支払われるなら
通常の派遣料と同様に課税仕入、源泉徴収不要で
よいのでしょうが、これはそうではないようですね。
派遣労働者と派遣先企業とが直接契約を結んでいる
わけではないので、そもそも何の対価として
支払っているわけでもない、ということになるでしょう。
そうなると消費税の上では結局課税対象外と
いうことになるでしょうが、法人税の方で
交際費ではないか、寄附金ではないか、と
強弁されることも考えられなくはないので、
何の対価として支払っているかを
派遣の枠組みと両立する形で明確に設定するのが
よいのではないかと思います。

システム化されていれば難しいでしょうが、
派遣会社を通して派遣会社から本人に支給する
ことを派遣会社に申し入れるとか、
ややグレーな気はしますが派遣契約外の
契約関係を派遣労働者と直接持って
その対価とするとか、
あるいは賞与の形はあきらめて、
働きを評価する姿勢は日々の派遣料で表す
ことにするか・・・

と考えていくと自案ながらどれもパッとしない。
やっぱり、報酬面からモチベーションを
上げてもらおうというくらいコントロールを
強めたいのであれば、派遣から直雇いに変えるのが
常道なのでしょう。