kaibashiraさん、早速のご指導ありがとうございます。

同じように、休日出勤（たとえば土曜日）は25%増しと定めてありますが、
『フレックス社員が土曜日に仕事をすれば、当然25%増しとなるが、割増賃金をコントロールしたい場合は、土曜日や祝日出勤も、管理者の命令があったときのみ、という原則を徹底』
するのが"お勧め"ということにもなりましょうか。