労基法第32条の3に定めるいわゆるフレックスタイム制を
前提にすると、法定休日に関しては原則のままです。
貴社の規則上日曜日が法定休日となっているなら
日曜日に就業した分は休日労働としての
所定の割増賃金を支払う必要があります。
（ついでながら、深夜労働に関しても同様で、
たとえフレックスタイム制のもとであろうと
22:00〜5:00の間の労働に対しては
割増賃金の支払いを要します。）

前出の条文にもある通り、労働者の決定に
委ねられるのは始業および終業の時刻ですから、
少なくとも法定休日については、
本来労働者の選択によって働くかどうか
決めるものではありません。
使用者として割増賃金をコントロールされたい場合は
休日出勤は管理者の命令があったときのみ、という
原則を徹底されるのがよいかと思います。