掲載期間に応じて課金する契約であれば、原則として期間按分、短期であれば当期処理も可と言う事になろうかと思います。
クリック課金を単に掲載期間の決め方にすぎないと考えると、支払時点では掲載期間は決まってないのだから、当然1年を超える場合もあり得るし、合理的な按分が不可能なので、当期処理は無理だと思われます。また課金が100万円に達したときには当然に掲載終了と言うわけではなく、新たに前払金を積むことで継続することも考えられるので、前払金の額と掲載期間を対応させるのはちょっと難しいと思います。
ところでクリック課金は、広告掲載自体の対価ではなく、サーファーを顧客サイトに誘導したと言う成果の対価と考えられるので、100万円前払の時点では費用が発生しておらず、クリックがあった時点で費用を認識すべきものと言う事ができます。
そう言うわけでgtrさんのお考えが正しいものと思います。