このような世界とは無縁の者ですが、議論のきっかけとして小生の考え方を書かせていただきます。
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１００万円を支払った時点で、ネット上に御社の名前が掲載されていて、そのバナーなどをクリックした回数（閲覧数）が１００万円相当に達するまで当該広告が掲載される、クリックの数が急に増えたら１ヶ月で広告掲載が終了することもあるという理解が正しいならば・・・クリックの回数による課金方式とは単に掲載期間の決め方にすぎないと考えることはできないでしょうか。
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１００万円を支出した時点で、広告として成立し、宣伝効果が発生しているので、一括して費用計上しても構わないのではないかと思います。対価の支払いが完了し、役務の提供も受けていると解釈した次第です。
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もしかしたら、税務当局から何らかの解釈が出ているのかもしれませんが、よく調べもせずに私見を述べさせていただきました。