「機器メーカの商品ありきですので」「無形資産として、原価に配賦」と言うのがよくわかりませんが、
いずれにしろ試験研究費のうち、基礎研究及び応用研究の費用の額並びに工業化研究に該当することが明らかでないものの費用の額は、製造原価に算入しないことができます。「工業化研究」とは、基礎研究、応用研究を基礎として、工業化又は量産化をするための研究であり、個別製品の製造に関するものを言います。
言い換えるとこう言う事です。

基礎研究費・・・費用
応用研究費・・・費用
工業化研究費・・原価
ただし、工業化研究費かどうかはっきりしないものは費用

印象としては、お悩みの開発費は全て費用処理できそうな気がしますが、具体的にはやはり税務当局との折衝次第でしょう。
見たところ資金繰り等の要請から見直しているのではなく、研究開発費会計基準を見て、できるものならしたいなとお感じになった程度のような気がしますが、もしそうなら安全第一に冒険は一切避けて、従来のやり方を継続するのも選択肢の一つかと思います。

以上は研究開発費会計基準の解釈ではなく法人税基本通達5−1−4によりました。